O que significa a magnitude de um FFT?
Basicamente, a magnitude da FFT é a amplitude do componente de frequência associado. Quando você está usando a função FFT no Matlab, provavelmente também deseja usar a função FFTShift para centrar os resultados em torno de 0.
Qual é o comprimento do sinal na FFT?
O tamanho correto dos comprimentos da FFT para uma convolução linear é nfft = lx+ly - 1, onde obviamente esses comprimentos correspondem ao comprimento de seus sinais x e y.