Como quantificar estatisticamente a cobertura dos recursos nos dados?

1. Como você calcula a profundidade da cobertura?
2. Como você calcula a cobertura da sequência?
3. Como você calcula a cobertura média em BAM?
4. Como os Samtools calculam a cobertura?

Como você calcula a profundidade da cobertura?

A profundidade de cobertura de um genoma é calculada como o número de bases de todas as leituras curtas que correspondem a um genoma dividido pelo comprimento desse genoma.

Como você calcula a cobertura da sequência?

Podemos usar a cobertura como o número médio de ocorrências e Y como o número exato de vezes que uma base é sequenciada e, em seguida, calcular a probabilidade que aconteceria: p (y = 3) = (6.33 × E-6.3)/3! = 0.077 Claro, esse é o valor para exatamente 3.

Como você calcula a cobertura média em BAM?

Se você deseja obter a cobertura média: adicione o produto de bases por cobertura [2* 4+3* 28+4* 10+... ] e divida pelo número total de bases [137928].

Como os Samtools calculam a cobertura?

Este aplicativo calcula a profundidade em cada posição ou região e produz um histograma ou tabela de cobertura por cromossomo de um arquivo BAM de entrada. Os arquivos BAM de entrada prevêem ser classificados por posição ou nome, caso contrário, ele dará um erro. Caso contrário, a saída será uma tabela.