Removendo variação indesejada de dados de sequenciamento de RNA em larga escala com PRPS

1. Como você normaliza os dados de expressão gênica?
2. Qual RNA deve ser removido de uma amostra antes de executar o RNA seq?
3. Como você normaliza o RPKM?

Como você normaliza os dados de expressão gênica?

A normalização é alcançada dividindo os valores de expressão pela intensidade total (i.e., a soma de todos os valores de expressão) da matriz dada. Centralização¹¹ assume que a regulamentação é bem comportada, eu.e., A maioria dos genes não é significativamente regulada ou um número igual de genes é para cima e para baixo regulado.

Qual RNA deve ser removido de uma amostra antes de executar o RNA seq?

O RNA ribossômico (rRNA) é o componente mais altamente abundante do RNA total isolado de células e tecidos animais ou humanos, compreendendo a maioria (>80% a 90%) das moléculas em uma amostra total de RNA⁷. Para permitir a detecção eficiente de transcrição/genes, rRNAs altamente abundantes devem ser removidos do RNA total antes do sequenciamento.

Como você normaliza o RPKM?

Veja como você faz isso para RPKM: conte as leituras totais em uma amostra e divida esse número por 1.000.000 - este é o nosso fator de escala "por milhão". Divida as contagens de leitura pelo fator de escala "por milhão". Isso normaliza para a profundidade do seqüenciamento, dando a você leituras por milhão (rpm)