UMAP RNA-seq

1. O que é umap no RNA seq?
2. Para que é usado umap para?
3. O que é melhor umap ou t-sne?
4. Por que umap é melhor que o PCA?

O que é umap no RNA seq?

Aproximação e projeção uniforme do coletor (UMAP) é uma técnica de redução de dimensão proposta por McInnes et al. (2018) (ver papel associado).

Para que é usado umap para?

UMAP é um algoritmo para redução de dimensão com base em técnicas de aprendizado e idéias de aprendizagem de análise de dados topológicos. Ele fornece uma estrutura muito geral para abordar o aprendizado múltiplo e a redução de dimensões, mas também pode fornecer realizações concretas específicas.

O que é melhor umap ou t-sne?

Graças à solução na construção do gráfico de alta dimensão, a UMAP teoricamente economiza mais tempo e custo de computação do que T-Sne. É relatado que a redução da dimensionalidade de um conjunto de dados de 784-d para 3-D levou umap apenas 3 minutos, enquanto levou T-Sne 45!

Por que umap é melhor que o PCA?

O UMAP superou o T-SNE e o PCA, se olharmos para o enredo 2D e 3D, podemos ver mini-clusters que estão sendo bem separados. É muito eficaz para visualizar clusters ou grupos de pontos de dados e suas proximidades relativas.